ゲノミクス：数百例のゲノムを並べる多重アラインメントツール

ゲノムアラインメントは比較ゲノミクスに不可欠なツールだが、得られるデータの増大に伴い、アラインメントの計算コストが指数関数的に増大している。今回B Patenたちは、数百例のゲノムを含む全ゲノムを効率的にアラインメントする「Progressive Cactus」プログラムを開発した。Progressive CactusはCactus法の改良版で、ツリー構造に従ってサブアラインメントを並べる古典的な漸進的戦略を採用している。この方法の有用性は、242例の有胎盤哺乳類ゲノムと363例の鳥類ゲノムを含む、600例以上の羊膜類ゲノムのアラインメントの例を用いて実証された。

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